Cüneyd-i Bağdadi her zaman şöyle dua ederdi: "Allah'ım sana daima ve büyüklüğüne lâyık bir hamdle hamd olsun. Resûlullah efendimize, Ehl-i beytine, Eshâbına, O'nun yardımcılarına hayır dualar olsun.
Yâ Rabbî! Yerde ve gökte sana itaat edenlere merhamet eyle. Ey Kerim olan Allah'ım! Lütuf ve keremin hürmetine bütün günahlarımızı, hata ve kusurlarımızı affeyle. Yaptığımız zulüm ve haksızlıklar sebebiyle olan kul borçlarından bizi kurtar. Kereminle eğriliklerimizi düzelt. Kötülüklerimizi iyiliğe tebdil eyle.
Ey dilediğini yok ve var eden Allah'ım! Kalan ömrümüzde bizi kötülüklerden koru. Râzı olmadığın, beğenmediğin şeyleri bize çirkin göster, beğendiklerini sevdir. Bizlere râzı olduğun işleri yapmayı nasîb eyle. Vefatımıza kadar bu hâlimizi daim eyle. İradelerimizi bu hususta kuvvetlendir, niyetlerimizi sağlamlaştır. Bunlar için kalbimizi ıslah eyle. Uzuvlarımızı bu işlere sevk eyle. Bizi muvaffak kıl ve işlerimizde yardım eyle.
Yâ Rabbî! Bize senden utanmayı, beğendiğin her söze koşmayı ihsan eyle. Seçtiklerine, sevdiklerine nasip ettiğin, beğendiğin işleri yapma ve seni devamlı anma hâlini, sırf senin için yapılan amellerin en güzelini yapmayı ömrümüzün sonuna kadar devam etmeyi nasip eyle. Ölümümüzü iyi eyle. Ölümü bize ikram, ihsan, sana yakınlık ve sevinç eyle; pişmanlık, üzüntü eyleme. Kabirlerimize neşe ve sevinç ile girmek nasip eyle. Kabirlerimizi Cennet bahçeleri ve rahmetinin indiği yerler eyle. Orada bizi korkudan emin eyle. Dirilteceğin güne kadar bizi emin ve kalpleri huzurlu olanlardan eyle.
Ey mahlûkatı, geleceğinden şüphe olmayan günde toplayacak olan Allah'ım! Bizim o günden asla şüphemiz yoktur. O günün korkularından emin kıl ve sıkıntılarından kurtar. O günün büyük sıkıntısını bizden kaldır. Bizi Muhammed aleyhisselâmın yanında bulunanların arasına kat.
Allah'ım! Hesabımızı kolay eyle. Lütfunla kereminle muamele eyle. Bize amel defterimizi sağ tarafımızdan ver. Sıratı çabuk geçen ve gıpta edilenlerden eyle. Tartı gününde sevabımızı ağır kıl. Cehennemin sesini bize işittirme. Cehennemden ve Cehenneme yaklaştıracak işlerden ve sözlerden kurtar. Lütuf ve kereminle bizi Cennet'te kendilerine ihsanda bulunduğun peygamber, sıddıklar, şehitler ve sâlihler ile beraber eyle. Onlarla arkadaş olmak ne güzel…
Yâ Rabbî! Orada bizi, babalarımız, annelerimiz, yakınlarımız ve çoluk çocuğumuzla en güzel bir hâlde beraber bulundur. Dünyada iken bizimle ülfetleri, yakınlıkları olanları da bize kat. Onları umduklarına kavuştur. Dilediklerinden fazlasını ver. Dünyadan imanla ayrılan bütün mümin erkek ve kadınlara rahmetinle muamele eyle. Onlardan hayatta olanların günahlarını affeyle, tövbelerini kabul eyle. Zulüm ve haksızlığa uğrayanlara yardım et. Hastalarına şifa ver. Bize ve onlara nasuh tövbe etmek nasip et. Çünkü sen, çok ihsan sâhibisin ve her şeye kâdirsin.
Yâ Rabbî! Senin yolunda cihat edenlere yardım eyle. Hem idareciyi hem de idare edileni ıslah eyle. Müslümanların işlerini üzerine alanlara, Müslümanlara karşı şefkat ve merhamet nasip et.
Yâ Rabbî! Sözlerimi birleştir. Bizden fitneyi gider. Belâlardan kurtar. Bize Müslümanlar arasında ihtilaf gösterme. Bizleri sana yaklaştıran şeylerde birleştir.
Yâ Rabbî! Bizi aziz kıl, zelil kılma. Bizi, senin rızana götüren dünya ve ahiret işlerinde birleştir. Bu ancak senin yardımınla olur.
Yâ Rabbî! Bize, senden korkmayı, sana tazim ve hürmeti, sevdiklerine lütfettiğin marifet ve nimetlerini bize ihsan ve bunları devamlı eyle.
Yâ Rabbî! Bedenlerimize, bütün kardeşlerimize, bizden sonra gelecek çoluk çocuğumuza, yakınlarımıza, sıhhat ve âfiyet ihsan eyle. Bu âfiyeti diğer bütün mümin erkek ve kadınlara da ver."